Выражение означает оказаться в затруднительном положении = être en situation de difficulté, en mauvaise posture, ou avoir échoué.

J’ai raté mon examen, je suis vraiment dans les choux 

Notre équipe a perdu le match, nous sommes dans les choux

Сhoux восходит к созвучному échouer (потерпеть неудачу, не иметь успеха, провалиться) и выражению: être en échec (находиться под шахом), не имея ничего общего с овощами.

Ses tentatives pour lancer son entreprise ont été un échec.

L’armée ennemie a été tenue en échec

échec à l’examen — провал на экзамене

éprouver [subir] un échec — потерпеть неудачу

condamner à un échec total — обрекать на полный провал

tenir en échec — оказывать сопротивление; противостоять, сковывать, не давать хода

mettre en échec — провалить, обречь на неудачу